하지만 상소심에서는 '자의적 차별'에 대한 의견이 완전히 뒤집힙니다. 1심에서는 다른 지역, 다른 나라와 비슷한 방사능 검출 수치를 보이는 후쿠시마 인근 8개현의 수산물만 수입 금지 조치를 내린것은 차별이라는 일본의 입장에 손을 들어주었지만, 2심에서는 방사능 수치 외의 다른 요소 또한 검토해야 한다고 밝혔습니다. WTO는 보고서를 통해 지난 1심에서는 식품오염을 일으킬 가능성이 있는 다른 요소들을 고려하지 않았음을 밝히며 분쟁해결기구(DSB)의 보고서의 수정 필요성을 언급했습니다. 

WTO는 식품오염에 대한 일본의 특별한 환경적 영향, 즉 원전사고라는 환경적 상황을 고려해야한다고 말했습니다. 이어서 피폭 수치 외에 다른 기준들도 무역을 제한하는 요소가 될 수 있음을 덧붙였습니다.